博士可不可以写推荐信？
谢邀！ 题主的困惑其实是，以己之力，能否胜任PhD的申请？ 这个疑问其实可以转化一下，成为“以我目前的实力，能申到怎样的学校？”或是“以我未来的潜力，能有怎样的人生规划？” 再明确一点的话就是 “现在GPA3.4+，托福106（刷到了112），GRE325+，两篇普刊一作，有奖学金，能申到怎样的PHD项目？” 先给出答案，以题主目前的背景，申到Top50的学校还是很有希望的。当然这是美国Top50的意思，如果是指香港、新加坡的那几所名校，那基本是没有问题的。 因为不知道题主的专业，所以不能具体推荐学校，但以题主目前的背景申请Master一定是绰绰有余的，哪怕申请美国最激烈的STEM专业也不会有问题。
基于对本科GPA的不满意，建议题主在申请季再补申一次，刷高GPA，这样选择的机会才更大。 一般来讲，申请PhD有三种路径： 通过Masters申请直接读Phd； 以Admission的形式先读个MS然后转phd； 直接申请Direct Phd。 前两种都需要在申请时提供足够的quantitative和qualitative的背景。以题主目前的情况，可以直接申请直接读PhD了。
既然目标是Top50，那么现阶段需要准备的就是提升软性背景，包括多参加一些科研项目，跟老师做Research，发CPCI或EI会议论文，甚至可以把文章投到JCR=Q1区的期刊上，只要是有影响因子的文献都对申请有帮助。 如果打算出国读研，那么现在就应该开始准备了。 首先当然是提高GPA，GPA是最重要的申请材料之一，也是申请奖学金的关键。其次是需要找一份好的实习，有保研资格的同学可以好好利用这个资源，没保上的同学也可以尝试申请出国读研。再次是语言成绩和GMAT，出国的语言要求一般是雅思7+或者托福100+，GMAT最好要考到680+。同时一定要想办法提高自己的软性背景，可以多参加课外活动，科研，竞赛，还有学校的社团等。